Direkte Bundessteuer

Staats- und Gemeindesteuern

Steuerbarer Reingewinn

Fr. u

Fr. v

Gewinnsteuersatz

8.50 %

8.00 %

Eigenkapital per 31.12.2011

Fr. w

Steuerbares Eigenkapital

Fr. r

Kapitalsteuersatz

0.75 ‰permil;

Die Einsprache der Steuerpflichtigen hiergegen hiess das Steueramt des Kantons Zürich mit Entscheid vom 24. Februar 2015 hinsichtlich der direkten Bundessteuer teilweise gut, da es das von der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt unterzeichnete Schreiben nunmehr für verbindlich erachtete. Dementsprechend liess das Steueramt die Lizenzgebühren für die direkte Bundessteuer vollumfänglich zum Abzug zu. Hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern wies das Steueramt die Einsprache ab.

Die Swiss International Air Lines AG führte gegen den Einspracheentscheid Rekurs und Beschwerde beim Steuerrekursgericht. Mit Entscheid vom 18. Dezember 2015 wies das Steuerrekursgericht die Rechtsmittel der Swiss International Air Lines AG ab. Auf Antrag der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) hin rechnete das Steuerrekursgericht den Teil der Lizenzgebühren, den das Steueramt für nicht geschäftsmässig begründet hielt, ausserdem auch bei der direkten Bundessteuer wieder auf und setzte den steuerbaren Gewinn auf Fr. s fest.

Gegen den Entscheid des Steuerrekursgerichts erhob die Swiss International Air Lines AG Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Da das Verwaltungsgericht der Auffassung war, dass das Steueramt die internationale Steuerausscheidung unter teilweise falschen Gesichtspunkten vorgenommen hatte, hiess es die Beschwerde mit Entscheid vom 21. Dezember 2016 sowohl hinsichtlich der direkten Bundessteuer als auch hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern teilweise gut und wies das Steueramt an, die Ausscheidungsquote entsprechend anzupassen. Bezüglich der Lizenzgebühren wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab.

C. Sowohl das Steueramt des Kantons Zürich als auch die Swiss International Air Lines AG führen beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Das Bundesgericht heisst die Beschwerde des Steueramts des Kantons Zürich vollständig, jene der Swiss International Air Lines AG teilweise gut.

(Zusammenfassung)

II. Direkte Bundessteuer

2. (...)

2.3 Die Vorinstanz hielt dafür, dass das Steueramt des Kantons Zürich und nicht die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt für die Veranlagung der direkten Bundessteuer zuständig und das Ruling deshalb mangels Zuständigkeit nicht verbindlich gewesen sei. Die Steuerpflichtige macht geltend, dass die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt zuständig gewesen sei.

2.3.1 Die Zuständigkeit für die Erteilung eines "Rulings" liegt bei der Veranlagungsbehörde, bezüglich der direkten Bundessteuer also bei jener kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, welche die Steuer veranlagt (BGE 141 I 161 E. 3.2 S. 165 mit Hinweisen; Urteil 2C_529/2014 vom 24. August 2015 E. 3.2, in: StR 70/2015 S. 900). Für die Veranlagung juristischer Personen, die aufgrund persönlicher Zugehörigkeit der direkten Bundessteuer unterworfen sind, sieht Art. 105 Abs. 3 DBG (SR 642.11) vor, dass die Veranlagungszuständigkeit jenem Kanton zufällt, in welchem die juristische Person am Ende der Steuerperiode oder Steuerpflicht ihren Sitz oder den Ort ihrer tatsächlichen Verwaltung hat.

2.3.2 Gesetzesbestimmungen sind in erster Linie nach ihrem Wortlaut auszulegen. Ist der Wortlaut klar, d.h. eindeutig und unmissverständlich, ist davon nur abzuweichen, wenn dafür triftige Gründe bestehen. Solche Gründe können sich aus der Entstehungsgeschichte der Norm, aus ihrem Sinn und Zweck oder aus dem Zusammenhang mit anderen Vorschriften ergeben. Im Übrigen sind bei der Auslegung alle herkömmlichen Auslegungselemente zu berücksichtigen, wobei das Bundesgericht einen pragmatischen Methodenpluralismus befolgt und es ablehnt, die einzelnen Auslegungselemente einer Prioritätsordnung zu unterstellen (vgl. BGE 143 II 685 E. 4 S. 689 f.; BGE 140 II 80 E. 2.5.3 S. 87; BGE 139 IV 62 S. 74 f.; je mit Hinweisen).

2.3.3 Dem Wortlaut von Art. 105 Abs. 3 DBG lässt sich nicht entnehmen, ob einem Kanton im Konfliktfall der Vorrang zukommt. Auch die Materialien sind diesbezüglich wenig aufschlussreich. Zwar hielt der Bundesrat in seiner Botschaft fest, dass die Anknüpfung an den Ort der tatsächlichen Verwaltung zur Begründung der unbeschränkten Steuerpflicht der juristischen Person vor allem im internationalen Verhältnis von Bedeutung sei (Botschaft vom 25. Mai 1983 zu Bundesgesetzen über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden sowie über die direkte Bundessteuer [nachfolgend: Botschaft StHG/DBG], BBl 1983 III 186). In Bezug auf die Veranlagungszuständigkeit beliess es der Bundesrat hingegen bei der Bemerkung, dass sich im Vergleich zur früheren Rechtslage nichts ändern würde, obschon Art. 77 Abs. 1 des Bundesratsbeschlusses über die Erhebung einer direkten Bundessteuer (BdBSt) für die Veranlagungszuständigkeit nur an den Sitz und nicht an den Ort der tatsächlichen Verwaltung der steuerpflichtigen juristischen Person angeknüpft hatte (Botschaft StHG/DBG, BBl 1983 III 203 f.; vgl. auch Urteil 2A.196/2001 vom 13. Mai 2002 E. 2.3.2, in: ASA 72 S. 304, StE 2002 B 91.3 Nr. 3).

2.3.4 Die Regelung der Veranlagungszuständigkeit des DBG ist geprägt vom Gedanken der Verfahrensökonomie. Insbesondere soll vermieden werden, dass sich mehrere Kantone mit der Veranlagung derselben steuerpflichtigen Person befassen und so die eigenen und die Ressourcen der steuerpflichtigen Person über Gebühr beanspruchen. Deshalb kommt die Veranlagungszuständigkeit pro Steuersubjekt einem einzelnen Kanton zu, auch wenn in einem anderen Kanton ebenfalls Anknüpfungspunkte für eine subjektive Steuerpflicht nach Art. 50 f. DBG bestehen (Grundsatz der Einheit der Veranlagungszuständigkeit bzw. des Veranlagungsortes; BGE 142 II 182 E. 2.2.6 S. 188; BGE 137 I 273 E. 3.3.1 S. 277 mit Hinweisen; vgl. GUIDO JUD, in: Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 3. Aufl. 2017, N. 1 zu Vor Art. 105-108 DBG; PETER LOCHER, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, III. Teil, 2015, N. 2 zu Art. 105 DBG; ANDREA PEDROLI, in: Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2. Aufl. 2017, N. 3 zu Art. 105 DBG). Aus denselben Effizienzüberlegungen drängt es sich auf, die Veranlagung der direkten Bundessteuer durch denjenigen Kanton besorgen zu lassen, der auch für die Veranlagung der gleichartigen kantonalen Steuern zuständig ist und deshalb ohnehin ein Veranlagungsverfahren durchzuführen hat. So verweist etwa Art. 105 Abs. 2 DBG für die Veranlagung von Kindern unter elterlicher Sorge auf die Grundsätze des Bundesrechts über das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung, um den Gleichlauf mit der Veranlagungszuständigkeit für die kantonalen Steuern sicherzustellen (vgl. Botschaft StHG/DBG, BBl 1983 III 203).

2.3.5 Dieser Gleichlauf der Veranlagungszuständigkeiten war Mitgrund dafür, dass das Bundesgericht in einem Fall relativ bald nach Inkrafttreten des DBG entschieden hat, die Veranlagungszuständigkeit im Konfliktfall dem Sitz der juristischen Person zuzuweisen, es sei denn, dem Sitz käme lediglich formelle Bedeutung zu (insb. sog. Briefkastendomizile; vgl. Urteil 2A.196/2001 vom 13. Mai 2002 E. 3.2, in: ASA 72 S. 304, StE 2002 B 91.3 Nr. 3). Es stützte sich dabei ausdrücklich auf die Grundsätze des Bundesrechts über das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung, die auch in Bezug auf Art. 105 Abs. 3 DBG massgebend sein sollen (Urteil 2A.196/2001 vom 13. Mai 2002 E. 3.3, in: ASA 72 S. 304, StE 2002 B 91.3 Nr. 3).

2.3.6 Wie das Bundesgericht jedoch kürzlich nach eingehender Auseinandersetzung mit der Rechtsprechung vor und seit Inkrafttreten des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) erkannt hat, räumen die Grundsätze des Bundesrechts über das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung in Wirklichkeit nicht dem Sitz, sondern dem Ort der tatsächlichen Verwaltung der juristischen Person den Vorrang ein (Urteil 2C_627/2017 vom 1. Februar 2019 E. 2.3.6, in: StE 2019 B 71.31 Nr. 4, StR 74/2019 S. 286, mit zahlreichen Hinweisen). Um den Gleichlauf der Veranlagungszuständigkeit für die direkte Bundessteuer mit dem Hauptsteuerdomizil beizubehalten, wäre demnach in Abkehr vom zuvor zitierten Urteil (Urteil 2A.196/2001 vom 13. Mai 2002 E. 3.2, in: ASA 72 S. 304, StE 2002 B 91.3 Nr. 3) auch in Bezug auf Art. 105 Abs. 3 DBG dem Ort der tatsächlichen Verwaltung der Vorrang einzuräumen. Im Regelfall stimmen der Sitz der juristischen Person und der Ort ihrer tatsächlichen Verwaltung freilich überein.

2.3.7 Art. 105 Abs. 3 DBG lässt sich nach dem Gesagten kein Vorrang des Sitzes und des Orts der tatsächlichen Verwaltung der juristischen Personen entnehmen. Die beiden Anknüpfungsmerkmale stehen vielmehr alternativ nebeneinander. Im Konfliktfall ist es daher am Sitzkanton und am Kanton der tatsächlichen Verwaltung, sich über den Veranlagungsort zu verständigen (vgl. Art. 111 Abs. 1 DBG). Werden sich die beiden Kantone nicht bereits von sich aus einig, haben sie nach Art. 108 Abs. 1 DBG die ESTV einzuschalten.

2.3.8 Die Steuerpflichtige hatte in der relevanten Steuerperiode ihren Sitz im Kanton Basel-Stadt, während sich der Ort ihrer tatsächlichen Verwaltung im Kanton Zürich befand. Die Steuerverwaltungen der beiden Kantone haben sich Anfang 2013 dahingehend verständigt, dass ab der Steuerperiode 2011 das Steueramt des Kantons Zürich die Veranlagung der direkten Bundessteuer besorgt. Dies ist unter den Beteiligten unbestritten. Die Zuständigkeit für die Veranlagung der direkten Bundessteuer für die Steuerperiode 2011 lag somit beim Steueramt des Kantons Zürich und nicht bei der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt.

(...)

3. Die Vorinstanz hat die Ausscheidung des Gewinns auf die ausländischen Betriebsstätten anhand der Hilfsfaktoren Arbeit und Kapital vorgenommen. Die Steuerpflichtige beanstandet, dass sich die Vorinstanz auf falsche Kriterien gestützt habe. Auch das Steueramt ist mit der Gewinnausscheidung der Vorinstanz nicht einverstanden.

3.1 Die Gewinnausscheidung bzw. -abgrenzung im internationalen Verhältnis ist in Art. 52 DBG geregelt. Nach Art. 52 Abs. 1 DBG erstreckt sich die Steuerpflicht von unbeschränkt steuerpflichtigen juristischen Personen nicht auf ausländische Geschäftsbetriebe, Betriebsstätten und Grundstücke. Art. 52 Abs. 3 DBG verweist für die Abgrenzung der Steuerpflicht für Geschäftsbetriebe, Betriebsstätten und Grundstücke auf die Grundsätze des Bundesrechts über das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung. Bezüglich ausländischer Betriebsstätten sieht diese Bestimmung zudem vor, dass ein schweizerisches Unternehmen ausländische Betriebsstättenverluste provisorisch mit inländischen Gewinnen verrechnen kann, soweit diese Verluste im Betriebsstättenstaat nicht bereits berücksichtigt wurden.

3.2 Das Bundesgericht hatte noch keine Gelegenheit, sich zur Abgrenzung der Gewinne von hier unbeschränkt steuerpflichtigen juristischen Personen auf ausländische Betriebsstätten nach Art. 52 Abs. 1 und Abs. 3 DBG zu äussern (vgl. zur Abgrenzung der Steuerpflicht ausländischer juristischer Personen mit inländischen Betriebsstätten nach Art. 52 Abs. 4 DBG Urteile 2C_972/2018 vom 2. Oktober 2019 E. 5; 2P.140/2005 vom 28. November 2005 E. 4.3, in: StE 2006 A 31.2 Nr. 7, StR 61/2006 S. 433).

3.3 In der Lehre wird kontrovers diskutiert, wie Gewinne nach Art. 52 Abs. 1 und Abs. 3 DBG auf ausländische Betriebsstätten auszuscheiden sind. Die tendenziell ältere Lehre befürwortet eine Abgrenzung der Gewinne nach Quoten, wie sie im interkantonalen Steuerrecht üblich ist. Sie stützt sich dafür auf den Wortlaut von Art. 52 Abs. 3 Satz 1 DBG, der auf die Grundsätze des Bundesrechts über das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung verweist (vgl. etwa PETER ATHANAS, Aussensteuerliche Bestimmungen im DBG und StHG, in: Das neue Bundesrecht über die direkten Steuern, Höhn/Athanas [Hrsg.], 1993, S. 432; BAUMANN/ABOLFATHIAN, Unternehmenssteuerreform und Betriebsstättebesteuerung, Der Schweizer Treuhänder [ST] 1998, S. 284; PETER BRÜLISAUER, in: Internationales Steuerrecht, 2015, N. 87 zu Art. 7 OECD-MA; ders., Abgrenzung nach dem "Dealing-at-Arm's-Length-Prinzip" im internationalen Einheitsunternehmen, IFF Forum für Steuerrecht [nachfolgend: FStR] 2014, S. 241; MARCEL R. JUNG, Aushöhlung der Bemessungsgrundlage und Gewinnverlagerung durch schweizerische Konzerne mittels Offshore-Finanzierungsstrukturen, FStR 2014, S. 89 f.; BENJAMIN FUCHS, Transnationaler Verlustausgleich bei internationalen Unternehmungen und Konzernen im Steuerrecht, 1993, S. 160; XAVIER OBERSON, Précis de droit fiscal international, 4. Aufl. 2014, Rz. 475; RICHNER UND ANDERE, Handkommentar zum DBG, 3. Aufl. 2016, N. 6 zu Art. 52 DBG; RIEDWEG/FRICKER, Die Besteuerung der inländischen Betriebsstätte eines ausländischen Unternehmens in der Schweiz, ASA 64 S. 522; differenzierend FRANK LAMPERT, Die Verlustverrechnung von juristischen Personen im Schweizer Steuerrecht, 2000, S. 289 ff.; MADELEINE SIMONEK, Die steuerliche Behandlung von Verlusten bei Körperschaften, Länderbericht Schweiz, in: Cahiers de droit fiscal international, Bd. LXXXIIIa, 1998, S. 804 f.). Auch das alte Recht hatte für die direkte Bundessteuer eine quotenmässige Ausscheidung der Betriebsstättengewinne vorgesehen. Das ergab sich allerdings nicht aus einer Verweisung auf die Grundsätze des Bundesrechts über das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung, sondern war in Art. 55 Abs. 1 BdBSt ausdrücklich vorgesehen. Dasselbe galt gemäss Art. 52 Abs. 2 BdBSt für ausländische juristische Personen mit Betriebsstätten in der Schweiz (vgl. BGE 117 Ib 248 E. 4a S. 255).

3.4 Die Grundsätze des Bundesrechts über das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung ergeben sich aus der Rechtsprechung des Bundesgerichts zum Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung gemäss Art. 127 Abs. 3 BV bzw. Art. 46 Abs. 2 aBV. Dieses Richterrecht schreibt für Unternehmen mit Sitz und Betriebsstätten in verschiedenen Kantonen im interkantonalen Verhältnis die Gewinnausscheidung nach Quoten vor (BGE 103 Ia 233 E. 3b S. 236; BGE 93 I 415 E. 3 S. 421; 73 I 191 E. 3 S. 200; 55 I 450 E. 2 S. 455). Dafür hat das Bundesgericht verschiedene Methoden entwickelt. Dabei geniesst die quotenmässig-direkte Methode grundsätzlich den Vorzug gegenüber anderen Methoden (BGE 93 I 415 E. 3 S. 422; 50 I 87 E. 3 S. 93; Urteil 2C_350/2018 vom 17. Juni 2019 E. 4.1.1, in: StE 2019 A 24.42.2 Nr. 2). Bei dieser Methode wird das Gesamtergebnis des interkantonalen Unternehmens anhand separat geführter Betriebsstättenbuchhaltungen quotenmässig auf die Betriebsstättenkantone und den Sitzkanton verteilt. Sie kommt in der Praxis insbesondere bei Banken zur Anwendung (BGE 81 I 212 E. 2 S. 216; 71 I 327 E. 2 S. 335 mit Hinweisen).

Die quotenmässig-direkte Methode setzt allerdings voraus, dass überhaupt separate Betriebsstättenbuchhaltungen vorliegen und die Betriebsstätten weitgehend selbständig operieren (Urteile 2C_350/2018 vom 17. Juni 2019 E. 4.1.2, in: StE 2019 A 24.42.2 Nr. 2; 2P.326/2003 vom 31. August 2004 E. 4.2.1, in: StE 2005 A 24.44.3 Nr. 1, StR 60/2005 S. 107). Fehlt es hieran, kommt die quotenmässig-indirekte Methode zur Anwendung. Bei dieser Methode wird das Gesamtergebnis anhand von Hilfsfaktoren zwischen den Betriebsstättenkantonen und dem Sitzkanton verteilt. Diese Hilfsfaktoren bestimmen sich nach der Art des interkantonalen Unternehmens. So wird bei reinen Handelsunternehmen, Treuhandunternehmen und Hoch- und Tiefbauunternehmungen der Gewinn typischerweise nach Massgabe der Umsätze bzw. Honorare verteilt (BGE 96 I 560 E. 6 S. 584; 61 I 340 E. 3 S. 343; 55 I 153 E. 3 S. 157; Urteile 2P.338/2006 vom 10. September 2007 E. 3.1; 2P.301/1978 vom 8. Mai 1979, in: StR 35/1980 S. 31). Bei Fabrikationsgeschäften sowie Elektrizitätsunternehmen wird die Ausscheidung nach den Produktionsfaktoren Arbeit und Kapital vorgenommen (BGE 88 I 240 E. 1 S. 244; 52 I 238 E. 9 S. 252; 51 I 395 E. 4 S. 404; 31 I 56 E. 5 S. 77 f.), während bei Versicherungen die Prämieneinnahmen der massgebende Hilfsfaktor sind (BGE 103 Ia 233 E. 4a S. 238 f.). Bei interkantonalen Eisenbahn- und Schifffahrtsunternehmen sind die Gewinne nach Massgabe der Personenfrequenz und des Gepäck- und Güterumsatzes pro Kanton auszuscheiden (sog. Frequenzmethode; BGE 92 I 264 E. 2a S. 267 f.; 41 I 423 E. 3b S. 434; TEUSCHER/LOBSIGER, in: Interkantonales Steuerrecht, 2011, Rz. 43 zu § 31; vgl. nun allerdings die Steuerausnahme in Art. 23 Abs. 1 lit. j StHG). Bei landwirtschaftlichen Betrieben verteilt das Bundesgericht den landwirtschaftlichen Ertrag nach dem Ertragswert der Grundstücke (BGE 74 I 120 E. 3 S. 127). Bei Unternehmen, die sich keiner der vorgenannten Kategorien zuordnen lassen, hat das Bundesgericht jeweils situativ auf andere Hilfsfaktoren abgestellt (vgl. z.B. BGE 37 I 266 E. 3 S. 271 f. [Reparaturwerkstätte und Wäscherei: Verhältnis der Betriebskosten]; 34 I 675 E. 2 S. 682 [Ausbeutung einer Mineralwasserquelle im Betriebsstättenkanton: hälftige Teilung der Steuerfaktoren]) oder die Gewinne nach Ermessen verteilt (BGE 95 I 431 E. 4 S. 439 [Liegenschaftenhändler und Generalbauunternehmer]).

3.5 Es ist nicht zu übersehen, dass die quotenmässigen Methoden für das interkantonale Verhältnis entwickelt worden sind und ihre unbedachte Übertragung auf das internationale Verhältnis problematische Auswirkungen haben kann.

3.5.1 Dies hat das Bundesgericht bereits in seinem Urteil vom 23. Oktober 1947 in Sachen Bulova Watch Co. Inc. gegen Staat Bern erkannt. Konfrontiert mit einer mit Art. 52 Abs. 3 Satz 1 DBG vergleichbaren Verweisung des vorharmonisierten bernischen Steuerrechts hielt das Bundesgericht fest, dass es nicht willkürlich ist, die bundesgerichtlichen Doppelbesteuerungsgrundsätze und insbesondere das Gebot der quotenmässigen Ausscheidung für das internationale Verhältnis nur insoweit anzuwenden, als nicht Unterschiede bestehen, die ein Abweichen von diesen Grundsätzen rechtfertigen. Einen solchen Unterschied sah es insbesondere darin, dass im internationalen Verhältnis bei quotenmässiger Ausscheidung die doppelte Nichtbesteuerung gewisser Gewinne droht, während im interkantonalen Verhältnis das Bundesgericht als oberste Instanz alle eventuell noch fehlenden Erhebungen in den beteiligten Kantonen anordnen kann (BGE 73 I 191 E. 4 S. 203). Wie das Bundesgericht ausserdem in späteren Urteilen ausführte, ist die Veranlagungsbehörde häufig nicht in der Lage, die ausländischen Bücher der Gesamtunternehmung zu prüfen und an ihrem Ergebnis die notwendigen steuerlichen Korrekturen (vollständig) vorzunehmen (vgl. BGE 117 Ib 248 E. 4b S. 255 f.; Urteil 2P.140/2005 vom 28. November 2005 E. 5.3, in: StE 2006 A 31.2 Nr. 7, StR 61/2006 S. 433).

3.5.2 Die Gefahr doppelter Nichtbesteuerungen war auch im Rahmen der Vorbereitungsarbeiten zu DBG und StHG thematisiert worden. Es wurde erwogen, ausländische Gewinne nur dann steuerlich freizustellen, wenn die steuerpflichtige Person einen Besteuerungsnachweis beibringen konnte. Weil die Grundsätze des Bundesrechts über das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung nicht nur die aktuelle, sondern auch die virtuelle Doppelbesteuerung verbieten, wurde davon letztlich abgesehen (vgl. Botschaft StHG/DBG, BBl 1983 III 157). Nichtsdestotrotz verstossen (doppelte) Nichtbesteuerungen einzelner Steuerpflichtiger potenziell gegen das verfassungsmässige Gebot der Wettbewerbsneutralität (Art. 27 und Art. 94 BV; vgl. BGE 130 I 96 E. 3.7 S. 104; BGE 123 II 16 E. 10 S. 35; ausserhalb des Steuerrechts: BGE 143 II 425 E. 4.2 S. 431 mit Hinweisen) und die in Art. 127 Abs. 2 BV enthaltenen Besteuerungsgrundsätze (insbesondere Allgemeinheit der Steuer und Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit; vgl. BGE 145 II 206 E. 2.4.2 S. 211; BGE 142 II 197 E. 6.1 S. 205; BGE 137 I 145 E. 2 S. 147). Es ist deshalb nicht anzunehmen, dass der Gesetzgeber mit Art. 52 Abs. 3 Satz 1 DBG die systematische doppelte Nichtbesteuerung gewisser, international tätiger Unternehmen bezweckte, und dies umso weniger, wenn die virtuelle Doppelbesteuerung bereits durch schweizerische Doppelbesteuerungsabkommen ausgeschlossen ist (vgl. BGE 139 II 78 E. 3.1.2 S. 87; a.M. SIMONEK/VON AH, in: Unternehmenssteuerrecht - Entwicklungen 2012, Hans-Ueli Vogt [Hrsg.], 2013, S. 179).

3.5.3 Im internationalen Verhältnis ist ausserdem zu beachten, dass die quotenmässigen Methoden nach der Streichung des früheren Art. 7 Abs. 4 des OECD-Musterabkommens (nachfolgend: OECD-MA) gemäss der aktuellen Fassung nach herrschender Lehre nicht länger zulässig sind (vgl. Art. 7 OECD-MA i.d.F. vom 22. Juli 2010; Kommentar der OECD, N. 42 zu Art. 7 OECD-MA; ATHANAS/GIGLIO, in: Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, Klöti-Weber und andere [Hrsg.], 4. Aufl. 2015, N. 49 f. zu § 18 Steuergesetz AG; ALEXANDER HEMMELRATH, in: Doppelbesteuerungsabkommen der Bundesrepublik Deutschland auf dem Gebiet der Steuern vom Einkommen und Vermögen [nachfolgend: DBA], Vogel/Lehner [Hrsg.], 6. Aufl. 2015, N. 184 zu Art. 7 OECD-MA; XAVIER OBERSON, a.a.O., Rz. 487; OESTERHELT/SCHREIBER, in: Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 3. Aufl. 2017, N. 17 zu Art. 52 DBG; JACQUES SASSEVILLE, in: Modèle de Convention fiscale OCDE concernant le revenu et la fortune, Commentaire, Danon und andere [Hrsg.], 2014, N. 126 zu Art. 7 OECD-MA; a.M. PETER BRÜLISAUER, a.a.O., N. 294 zu Art. 7 OECD-MA; differenzierend WASSERMEYER UND ANDERE, in: Doppelbesteuerung, Franz Wassermeyer [Hrsg.], 124. Ergänzungslieferung Oktober 2013, N. 419 zu Art. 7 OECD-MA). Diese neue Fassung wurde bereits in verschiedene Doppelbesteuerungsabkommen der Schweiz übernommen (vgl. jeweils Art. 7 der Doppelbesteuerungsabkommen mit dem Königreich Belgien [SR 0.672.917.21], dem Fürstentum Liechtenstein [SR 0.672.951.43], Island [SR 0.672.944.51], der Republik Kosovo [SR 0.672.947.51], der Republik Slowenien [SR 0.672.969.11], Ungarn [SR 0.672.941.81] und der Republik Zypern [SR 0.672.925.81]; vgl. ausserdem jeweils Art. 7 der Doppelbesteuerungsabkommen mit Australien [SR 0.672. 915.81], dem Vereinigten Königreich von Grossbritannien und Nordirland [SR 0.672.936.712], der Republik von Kasachstan [SR 0.672. 947.01] und der Republik Türkei [SR 0.672.976.31], die nicht auf dem neuen Art. 7 OECD-MA beruhen, aber keine zu aArt. 7 Abs. 4 OECD-MA analoge Bestimmung enthalten).

3.6 Angesichts der Defizite der quotenmässigen Methoden gehen die tendenziell jüngere Lehre und die ESTV davon aus, dass für die Gewinnabgrenzung nach Art. 52 DBG die international vorherrschende objektmässige bzw. direkte Methode anzuwenden ist (AGNER/JUNG/STEINMANN, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, 1995, N. 5 ff. zu Art. 52 DBG; BAUMHOFF/LEITNER/DIGERONIMO, Betriebsstättengewinnermittlung im internationalen Vergleich - Deutschland, Österreich, Schweiz, IWB - Internationales Steuer- und Wirtschaftsrecht Nr. 10/2010 S. 1440; ESTV, Kreisschreiben Nr. 8 vom 18. Dezember 2001 Internationale Steuerausscheidung von Principal-Gesellschaften, Ziff. 4.1; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, N. 27 ff. zu Art. 52 DBG ["direkte Methode gemäss DBG"]; OESTERHELT/SCHREIBER, a.a.O., N. 16 zu Art. 52 DBG; PASCHOUD/GANI, in: Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2. Aufl. 2017, N. 41 zu Art. 52 DBG). Nach der objektmässigen Methode sind die Ergebnisse der Betriebsstätten separat und nicht als Quote des Gesamtergebnisses des Unternehmens zu ermitteln. Diese Autoren begründen ihre Auffassung unter anderem damit, dass die in Art. 52 Abs. 3 Satz 2 und 3 DBG vorgesehene provisorische Übernahme von Verlusten aus ausländischen Betriebsstätten nur bei Ausscheidung mittels objektmässig-direkter Methode ohne Weiteres möglich sei, da nur diese die Ermittlung und Verlegung von Betriebsstättenverlusten erlaube. Die quotenmässigen Methoden müssten hingegen zumindest modifiziert werden, um hiermit kompatibel zu sein.

3.7 Ob die quotenmässig-indirekten Methoden im internationalen Verhältnis überhaupt noch Anwendung finden können, kann im vorliegenden Fall dahingestellt bleiben. Wie die vorstehenden Erwägungen nämlich gezeigt haben, hat das Bundesgericht zur Abgrenzung der Betriebsstättengewinne von internationalen Luftfahrtunternehmen im Rahmen von Art. 127 Abs. 3 BV bzw. Art. 46 Abs. 2 aBV noch gar keine Grundsätze entwickelt (vgl. oben E. 3.4). Die Situation solcher Unternehmen unterscheidet sich erheblich von interkantonalen Eisenbahn- und Schifffahrtunternehmen, erfolgt die Wertschöpfung im internationalen Luftverkehr doch weitgehend nicht nur fernab der festen Geschäftseinrichtungen des Unternehmens, sondern zu einem wesentlichen Teil noch nicht einmal auf dem Staatsgebiet der Betriebsstättenstaaten. Mit den übrigen Arten von Unternehmen, für die das Bundesgericht Grundsätze zur Gewinn- bzw. Quotenermittlung aufgestellt hat, lassen sich internationale Luftfahrtunternehmen noch weniger vergleichen. Da die Voraussetzungen der quotenmässig-direkten Methode nicht erfüllt sind, müsste das Bundesgericht im interkantonalen Verhältnis die hergebrachten quotenmässig-indirekten Methoden um eine solche für internationale Luftfahrtunternehmen ergänzen bzw. bestimmen, auf welche Hilfsfaktoren in einem solchen Fall abzustellen wäre. Im internationalen Verhältnis bedeutet diese Lücke in den Grundsätzen des Bundesrechts über das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung schlichtweg, dass die Verweisung darauf in Art. 52 Abs. 3 Satz 1 DBG ins Leere führt. Es liegt mit anderen Worten eine echte Gesetzeslücke vor (BGE 144 II 281 E. 4.5.1 S. 291 f.; BGE 143 IV 49 E. 1.4.2 S. 54 f.; BGE 141 V 481 E. 3.1 S. 485). Das Gericht hat dabei nach der Regel zu entscheiden, die es als Gesetzgeber aufstellen würde (Art. 1 Abs. 2 ZGB analog; vgl. BGE 141 IV 298 E. 1.5.4 S. 303).

3.8 Es drängt sich auf, diese Lücke mittels Rückgriff auf die international vorherrschende Abgrenzungsmethodik zu füllen, wie sie im Musterabkommen der OECD und den Doppelbesteuerungsabkommen der Schweiz zum Ausdruck kommt. Die international vorherrschende Abgrenzungsmethodik verkörpert den Konsens der Sitz- und Quellenstaaten über die Verteilung des Steuersubstrats. Die Gefahr von Doppelbesteuerungen und doppelten Nichtbesteuerungen dürfte deshalb geringer ausfallen als bei den quotenmässigen Methoden des interkantonalen Steuerrechts und anderen rein unilateral konzipierten Methoden (vgl. JACQUES SASSEVILLE, a.a.O., N. 126 zu Art. 7 OECD-MA; DANIEL DE VRIES REILINGH, Le droit fiscal intercantonal et le droit fiscal international de la Suisse, 2011, Rz. 272).

3.9 Somit ist die Abgrenzung der Gewinne von internationalen Luftfahrtunternehmen zwingend nach der objektmässigen Methode vorzunehmen. Diese verlangt im Übrigen nicht, dass neben dem Ergebnis der ausländischen Betriebsstätte auch das Ergebnis des Sitzes bzw. der Sitz-Betriebsstätte separat ermittelt werden müsste (vgl. Kommentar der OECD, N. 28 zu Art. 7 OECD-MA). Das ergibt sich bereits daraus, dass die Steuerpflicht der juristischen Person aufgrund persönlicher Zugehörigkeit nach Art. 52 Abs. 1 DBG unbeschränkt ist und gar nicht vom Bestand einer hiesigen Betriebsstätte abhängt. Vielmehr ist das separat ermittelte Betriebsstättenergebnis vom Gesamtgewinn der juristischen Person abzuziehen, sodass sich der in der Schweiz als Sitzstaat steuerbare Gewinn als Residualgrösse präsentiert (so auch die Auffassung der Vertreter der ESTV, wiedergegeben in: BAUMHOFF/LEITNER/DIGERONIMO, a.a.O., S. 1440 und PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, N. 30 zu Art. 52 DBG).

3.10 Hieraus folgt allerdings noch nicht, wie die separaten Ergebnisse der ausländischen Betriebsstätten der Steuerpflichtigen konkret zu ermitteln sind. Auch insofern ist wiederum Rückgriff auf die international vorherrschende Abgrenzungsmethodik zu nehmen.

3.10.1 Die OECD hat zur Ermittlung der Ergebnisse ausländischer Betriebsstätten - und insbesondere zur Ermittlung unternehmensinterner, steuerrelevanter Vorgänge - ein zweistufiges Verfahren basierend auf dem Drittvergleichsgrundsatz entwickelt (sog. Authorised OECD Approach; vgl. OECD, Report on the Attribution of Profits to Permanent Establishments, 17. Juli 2008, § 10). Ob dieses Verfahren trotz gewisser Kritik in der Literatur (vgl. XAVER DITZ, in: Doppelbesteuerungsabkommen [DBA] - Kommentar, Schönfeld/Ditz [Hrsg.], 2013, N. 38 ff. zu Art. 7 (2010) OECD-MA; WASSERMEYER UND ANDERE, a.a.O., N. 585 ff. zu Art. 7 OECD-MA) für die meisten Unternehmensarten als internationaler Standard zu betrachten ist, braucht vorliegend nicht entschieden zu werden. Denn jedenfalls ist klar, welche Methodik international für die Ermittlung der Betriebsstättengewinne, wie jene der Steuerpflichtigen, angewendet wird. Zwischen den Industriestaaten besteht nämlich seit Jahrzehnten Konsens, dass die Gewinne aus dem Betrieb von Schiffen und Luftfahrzeugen im internationalen Verkehr nicht auf die unter Umständen äusserst zahlreichen Betriebsstätten aufzuteilen, sondern einheitlich einem einzelnen Staat bzw. einer einzelnen Betriebsstätte zur Besteuerung zuzuweisen sind (vgl. historische Nachweise bei GUGLIELMO MAISTO, The History of Article 8 of the OECD Model Treaty on Taxation, INTERTAX 31/2003 S. 232 ff.). Dieser Konsens basiert auf der Einsicht, dass internationale Schiff- und Flugreisen bzw. Gütertransporte der See- und Luftfahrt regelmässig Berührungspunkte zu einer Vielzahl von Staaten aufweisen und deshalb keine sachgerechte Aufteilung des Steuersubstrats zulassen (vgl. ISABELLE RICHELLE, in: Modèle de Convention fiscale OCDE concernant le revenu et la fortune, Danon und andere [Hrsg.], Commentaire, 2014, N. 4 zu Art. 8 OECD-MA; ALEXANDER HEMMELRATH, a.a.O., N. 4 zu Art. 8 OECD-MA; XAVIER OBERSON, a.a.O., S. 156 f. Rz. 492). Jedenfalls soweit der internationale Flugverkehr betroffen ist, teilen auch die Schwellen- und Entwicklungsländer diese Auffassung (vgl. Art. 8 [Alternative B] des UNO-Musterabkommens [UNO-MA]; Kommentar der UNO, N. 9 und N. 12 zu Art. 8 UNO-MA).

3.10.2 In der aktuellen Fassung weist das OECD-MA das alleinige Besteuerungsrecht dem Ansässigkeitsstaat der Person zu, die das Luftfahrtunternehmen betreibt (Art. 8 Abs. 1 i.V.m. Art. 3 Abs. 1 lit. d OECD-MA i.d.F. vom 21. November 2017). Frühere Fassungen gaben dem Staat den Vorzug, in dem sich der Ort der tatsächlichen Geschäftsleitung befand. In den schweizerischen Doppelbesteuerungsabkommen finden sich beide Ansätze (vgl. Übersicht bei GRÜNINGER/ COLPI, in: Internationales Steuerrecht, 2015, N. 33 ff. zu Art. 8 OECD-MA; vgl. aber jeweils Art. 8 Abs. 2 der Abkommen mit Australien [SR 0.672.915.81] und den Philippinen [SR 0.672.964.51], wonach dem Betriebsstättenstaat des Luftfahrtunternehmens unter bestimmten Umständen ein gewisses Restbesteuerungsrecht verbleibt). Neben diesen umfassenden Doppelbesteuerungsabkommen hat die Schweiz zahlreiche Abkommen, Brief- und Notenwechsel abgeschlossen, welche nur die Doppelbesteuerung von Gewinnen aus der Schiff- und Luftfahrt oder nur aus der Luftfahrt betreffen. Auch diese völkerrechtlichen Verträge weisen das Besteuerungsrecht einheitlich dem Ansässigkeits- bzw. dem Staat der tatsächlichen Geschäftsleitung zu. Eine Aufteilung des Steuersubstrats von Fluggesellschaften auf ihre Betriebsstätten findet nach dem OECD-MA und den Doppelbesteuerungsabkommen nur statt, soweit die Gewinne nicht direkt mit dem Betrieb von Schiffen bzw. Luftfahrzeugen im internationalen Verkehr zusammenhängen und auch nicht als blosse Hilfstätigkeit erscheinen (Kommentar der OECD, N. 4 zu Art. 8 OECD-MA).

3.11 Was die Steuerpflichtige demgegenüber zugunsten einer quotenmässigen Gewinnausscheidung auf ihre ausländischen Betriebsstätten vorbringt, verfängt nicht.

3.11.1 Sie beruft sich insbesondere auf die Richtlinien für die Besteuerung der Gewinne aus dem internationalen Luftverkehr des internationalen Dachverbands der Fluggesellschaften (IATA, Guidelines for Taxation of International Air Transport Profits, www.iata.org/ policy/Pages/taxation.aspx, unter "Our Positions" [besucht am 4. April 2019]). Die darin entwickelten Formeln zur Freistellung gewisser Gewinne bzw. zur Besteuerung eines "Nettogewinns" beziehen sich auf den Fall, dass Betriebsstättenstaaten auf der Besteuerung insistieren und deshalb eine Doppelbesteuerung stattfindet oder zumindest droht. Sie richten sich überdies nicht an die Ansässigkeits-, sondern an die Betriebsstättenstaaten (vgl. IATA, Guidelines for Taxation of International Air Transport Profits, a.a.O., Ziff. 4.1 und Ziff. 9). Gegenüber ihrem Ansässigkeitsstaat kann die Steuerpflichtige hieraus also von vornherein nichts zu ihren Gunsten ableiten. Dies gilt umso mehr, als die Steuerpflichtige vom dichten schweizerischen Netz an Doppelbesteuerungsabkommen profitiert, welches sie an fast allen Destinationen, die sie anfliegt, vor Gewinnbesteuerung bewahrt und somit in der Regel bereits die virtuelle Doppelbesteuerung ausschliesst.

3.11.2 Ebenso unbehelflich ist der rechtsvergleichende Hinweis der Steuerpflichtigen auf die Gewinnausscheidung, wie sie angeblich von den deutschen Steuerbehörden für ihre Muttergesellschaft vorgenommen wird. Diese Ausscheidung scheint sich nämlich nur auf die deutsche Gewerbesteuer zu beziehen, die von den deutschen Gemeinden erhoben wird. Sie dürfte eine Konsequenz des Territorialitätsprinzips sein, auf dem diese Steuer beruht (§ 1 und § 2 Abs. 1 des deutschen Gewerbesteuergesetzes vom 1. Dezember 1936; SCHAUMBURG/VON FREEDEN, in: Internationales Steuerrecht, Harald Schaumburg [Hrsg.], 4. Aufl. 2017, Rz. 9.1; ROMAN SEER, in: Steuerrecht, Tipke/Lang [Hrsg.], 23. Aufl. 2018, Rz. 88 zu § 1; vgl. auch HARTMUT WOLTER, in: Handbuch der internationalen Steuerplanung, Siegfried Grotherr [Hrsg.], 3. Aufl. 2011, S. 1359). Mit der direkten Bundessteuer besser vergleichbar ist hingegen die deutsche Körperschaftssteuer. Wie die direkte Bundessteuer folgt sie für gebietsansässige Körperschaften dem Welteinkommens- bzw. Universalitätsprinzip (vgl. JOHANNA HEY, in: Steuerrecht, Tipke/Lang [Hrsg.], 23. Aufl. 2018, Rz. 31 zu § 11; SCHAUMBURG/VON FREEDEN, in: a.a.O., Rz. 7.8; zur direkten Bundessteuer vgl. PETER ATHANAS, a.a.O., S. 431; MARKUS REICH, Steuerrecht, 2. Aufl. 2012, Rz. 7 zu § 19; JEAN-MARC RIVIER, Droit fiscal suisse, 2. Aufl. 1998, S. 310). Es bestehen nun aber keine Anzeichen dafür, dass Deutschland für die Körperschaftssteuer einen Teil der Gewinne der Muttergesellschaft der Steuerpflichtigen auf ausländische Betriebsstätten ausscheiden würde (vgl. § 1 und § 8 Abs. 1 des deutschen Körperschaftssteuergesetzes i.V.m. § 2 Abs. 1 des deutschen Einkommenssteuergesetzes).

3.12 Nach dem Gesagten sind die Gewinne, welche die Steuerpflichtige aus dem Betrieb von Flugzeugen im internationalen Verkehr, aus damit direkt verbundenen Tätigkeiten und aus Hilfstätigkeiten erzielt, nach Art. 52 Abs. 1 und Abs. 3 DBG nicht auf ausländische Betriebsstätten abzugrenzen. Sie bleiben der direkten Bundessteuer unterworfen. Das Urteil der Vorinstanz verletzt in diesem Punkt Bundesrecht. Ob hiervon abzuweichen wäre, wenn und soweit die Steuerpflichtige in Bezug auf einzelne Betriebsstättenstaaten eine Doppelbesteuerung erleidet oder ihr eine solche droht, kann vorliegend offenbleiben. Die Steuerpflichtige hat eine aktuelle oder virtuelle Besteuerung in einem Betriebsstättenstaat nämlich weder behauptet noch bewiesen. Somit ist die Beschwerde des Steueramts des Kantons Zürich betreffend die direkte Bundessteuer gutzuheissen, jene der Steuerpflichtigen in diesem Punkt hingegen abzuweisen.

III. Staats- und Gemeindesteuern

4. Die Steuerpflichtige macht vor Bundesgericht nicht mehr geltend, dass das Ruling der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt auch für die Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Zürich bindende Wirkung entfaltet hätte. Hingegen halten sie und das Steueramt des Kantons Zürich wiederum und mit derselben Argumentation wie für die direkte Bundessteuer dafür, dass die internationale Gewinnausscheidung der Vorinstanz unzutreffend sei.

4.1 Das StHG äussert sich nicht ausdrücklich zum Umfang der Steuerpflicht juristischer Personen. Immerhin unterscheidet es zwischen einer Steuerpflicht aufgrund persönlicher Zugehörigkeit (Art. 20 StHG) und einer Steuerpflicht aufgrund wirtschaftlicher Zugehörigkeit (Art. 21 StHG). Den Materialien ist zu entnehmen, dass die Steuerpflicht bei persönlicher Zugehörigkeit unbeschränkt und bei wirtschaftlicher Zugehörigkeit beschränkt sein soll (Botschaft StHG/DBG, BBl 1983 III 107). Diese Dichotomie war und ist ein Grundpfeiler des Systems des schweizerischen Steuerrechts (vgl. ZUPPINGER UND ANDERE, Steuerharmonisierung, 1984, S. 18 ff. mit Hinweisen). Sie entspricht im Übrigen auch der Regelung des DBG (vgl. Art. 50 f. DBG). Folglich gibt bereits das StHG den Kantonen vor, dass mit der persönlichen Zugehörigkeit eine unbeschränkte Steuerpflicht und mit der wirtschaftlichen Zugehörigkeit eine beschränkte Steuerpflicht einhergeht (BGE 142 II 446 E. 2.1 S. 448; JACQUES-ANDRÉ REYMOND, L'assujettissement des personnes morales, ASA 61 S. 346; JEAN-MARC RIVIER, L'assujettissement à l'impôt des personnes physiques, ASA 61 S. 283).

4.2 Fraglich ist jedoch, ob erstens die Steuerpflicht persönlich zugehöriger juristischer Personen nicht nur unbeschränkt, sondern mangels einer mit Art. 52 DBG vergleichbaren Bestimmung im StHG von Harmonisierungsrechts wegen zwingend unbegrenzt ist und somit - unter Vorbehalt des internationalen und interkantonalen Doppelbesteuerungsrechts - auch gebietsfremde Grundstücke und Betriebsstätten mitumfasst (so etwa PETER ATHANAS, a.a.O., S. 431 und S. 433), zweitens den Kantonen bei der Abgrenzung Gestaltungsspielraum verbleibt (so etwa OESTERHELT/SCHREIBER, in: Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 3. Aufl. 2017, N. 4 f. zu Art. 20 StHG; JACQUES-ANDRÉ REYMOND, a.a.O., S. 348 f.) oder drittens die kantonale unbeschränkte Steuerpflicht von juristischen Personen zwar abzugrenzen ist, diese Abgrenzung aber im Sinne der vertikalen Harmonisierung analog der Regelung des DBG zu erfolgen hat.

4.2.1 In Bezug auf die analoge Fragestellung bei natürlichen Personen hat das Bundesgericht entschieden, dass eine kantonale Abgrenzungsvorschrift jedenfalls dann mit dem StHG vereinbar ist, wenn sie die Regelung des DBG repliziert und damit der vertikalen Harmonisierung der kantonalen Einkommenssteuer mit der direkten Bundessteuer dient. Da die betreffende Bestimmung des Genfer Steuerrechts mit Art. 6 DBG übereinstimmte, brauchte das Bundesgericht nicht zu entscheiden, ob das StHG eine Abgrenzung analog der Regelung des DBG zwingend vorschreibt. Allerdings wies es ausdrücklich darauf hin, dass das Schweigen des StHG jedenfalls nicht zwangsläufig einen Gestaltungsspielraum für die Kantone bedeutet, zumal es sich beim Umfang der Steuerpflicht um eine Materie handelt, deren Harmonisierung verfassungsmässig vorgeschrieben ist (Art. 129 Abs. 2 BV; BGE 140 II 141 E. 8 S. 155 ff.; vgl. auch BGE 140 II 157 E. 5.1 S. 159).

4.2.2 Diese Überlegungen können für den vorliegenden Fall und die Abgrenzung der Steuerpflicht von unbeschränkt steuerpflichtigen juristischen Personen übernommen werden. Sie sind dahingehend zu ergänzen, dass das Harmonisierungsrecht zumindest insoweit eine DBG-konforme Auslegung des kantonalen Rechts vorschreibt, als eine kantonale Abgrenzungsvorschrift die Regelung von Art. 52 Abs. 1 und 3 DBG repliziert (vgl. zur DBG-konformen Auslegung kantonaler Steuervorschriften, wenn das StHG schweigt BGE 138 II 545 E. 3.1 S. 548 f.). Inwieweit den Kantonen noch ein Spielraum verbleibt für den Erlass von Abgrenzungsvorschriften, die von den Regelungen des DBG abweichen, und ob sie auch gänzlich auf eigene Abgrenzungsvorschriften verzichten und die Gewinne unbeschränkt steuerpflichtiger juristischer Personen alleine nach Massgabe des internationalen und interkantonalen Doppelbesteuerungsrechts abgrenzen dürfen, kann hingegen analog BGE 140 II 141 offenbleiben (vgl. BGE 140 II 141 E. 8 S. 156 f.).

4.2.3 Das Steuergesetz des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG/ ZH; LS 631.1) regelt den Umfang der Steuerpflicht von persönlich zugehörigen juristischen Personen in § 57 Abs. 1 und Abs. 3 StG/ZH. Abgesehen von der provisorischen Übernahme von Verlusten, welche Art. 52 Abs. 3 DBG anordnet, in § 57 Abs. 3 StG/ZH hingegen fehlt, entspricht die kantonale Regelung der Regelung auf Bundesstufe. Soweit vorliegend relevant ist § 57 StG/ZH nach dem Gesagten gleich auszulegen wie die Parallelbestimmung des Bundesrechts.

Dieser Ansicht war allem Anschein nach auch die Vorinstanz, hat sie doch in ihrem Urteil nicht zwischen der Rechtslage nach Bundesrecht und jener nach kantonalem Recht unterschieden. Nachdem die Vorinstanz das Bundesrecht aber falsch angewendet hat, erweist sich ihr Urteil notwendigerweise auch für die kantonale Gewinnsteuer als unzutreffend. Auch auf kantonaler Stufe hätte die Vorinstanz die Gewinne der ausländischen Betriebsstätten deshalb nach Massgabe der international vorherrschenden Methodik abgrenzen müssen.

4.3 Somit ergibt sich, dass die Gewinne, welche die Steuerpflichtige im Steuerjahr 2011 aus dem Betrieb von Flugzeugen im internationalen Verkehr und aus damit direkt verbundenen Tätigkeiten sowie Hilfstätigkeiten erzielt hat, auch auf kantonaler Stufe nicht ins Ausland ausgeschieden werden dürfen. Die Beschwerde des Steueramts betreffend die Staats- und Gemeindesteuern ist insoweit gutzuheissen.

5. Im Rahmen der Abgrenzung der Kapitalsteuerpflicht hat die Vorinstanz die Flugzeuge teilweise an das Ausland ausgeschieden. Das Steueramt des Kantons Zürich ist der Ansicht, dass die Flugzeuge der Steuerpflichtigen für die Kapitalsteuer vollumfänglich der Schweiz zuzuweisen seien, wie dies bereits das Steuerrekursgericht entschieden hatte. Die Steuerpflichtige verlangt in diesem Punkt Bestätigung des vorinstanzlichen Urteils.

5.1 Auch für die Kapitalsteuer enthält das StHG dem Wortlaut nach keine Abgrenzungsvorschrift. Da der Bund keine Kapitalsteuer erhebt, lässt sich die Abgrenzung von Steuerfaktoren bei der Kapitalsteuer ausserdem kaum mit der vertikalen Harmonisierung des schweizerischen Systems der direkten Steuern rechtfertigen. Ungeachtet der Frage, ob den Kantonen in dieser Frage Gestaltungsspielraum verbleibt oder ihnen die Abgrenzung der unbeschränkten Kapitalsteuerpflicht im internationalen Verhältnis von Harmonisierungsrechts wegen untersagt ist, wäre das vorinstanzliche Urteil aber jedenfalls dann vom Bundesgericht aufzuheben, wenn sich die konkrete Abgrenzungsvorschrift oder ihre Anwendung durch die Vorinstanz als willkürlich erwiese und die streitbetroffenen Kapitalsteuerfaktoren bei einer nicht willkürlichen Abgrenzung dem Kanton zur Besteuerung verblieben wären.

5.1.1 Ein Erlass ist willkürlich, wenn er sich nicht auf ernsthafte sachliche Gründe stützt oder sinn- und zwecklos ist (BGE 129 I 1 E. 3 S. 3). Ein Entscheid ist willkürlich, wenn er in der Begründung und im Ergebnis offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (BGE 141 I 235 E. 7.1 S. 240, BGE 141 I 49 E. 3.4 S. 53; BGE 140 III 16 E. 2.1 S. 18 f.).

5.1.2 Die Abgrenzung der Kapitalsteuerpflicht richtet sich im Kanton Zürich nach derselben Bestimmung wie jene der Gewinnsteuerpflicht (§ 57 StG/ZH). Sie verweist zur Abgrenzung der Steuerpflicht von unbeschränkt steuerpflichtigen juristischen Personen auf die Grundsätze des Bundesrechts über das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung. Diese Vorschrift und die Verweisung auf das interkantonale Doppelbesteuerungsrecht können für sich genommen nicht als willkürlich bezeichnet werden, obgleich sich die Bestimmung im konkreten Fall wie ihr bundesrechtliches Pendant als lückenhaft erweist (vgl. oben E. 3.4 und 4.2.3).

5.1.3 Aus dem Urteil der Vorinstanz wird nicht klar, ob sich ihre Ausführungen zur Kapitalausscheidung nur auf die Ermittlung des Hilfsfaktors Kapital für die Gewinnausscheidung oder auch auf die Kapitalsteuer beziehen. Sie hätte sich jedenfalls auch in Bezug auf die Kapitalsteuer mit der Frage auseinandersetzen müssen, zumal die Steuerpflichtige die Festsetzung der Kapitalsteuerfaktoren unter teilweiser Ausscheidung der Flugzeuge beantragt hatte. Geht man davon aus, dass sich die Ausführungen der Vorinstanz auch auf die Kapitalsteuer beziehen, hat die Vorinstanz die Flugzeuge für die Ermittlung der Kapitalsteuerfaktoren zu 20 % den ausländischen Betriebsstätten zugewiesen. Sie stützte sich dabei auf die Aufteilung des fliegenden Personals, welche sie bei der Quotenermittlung für die Gewinnausscheidung vorgenommen hatte. Zusammen mit der Steuerpflichtigen war die Vorinstanz diesbezüglich zum Schluss gekommen, dass die Flugzeit jeweils hälftig den ausländischen Betriebsstätten zuzurechnen sei, sodass das fliegende Personal 20 % seiner Arbeitszeit im Ausland verbracht habe.

5.1.4 Selbst nach der für interkantonale Schifffahrt- und Eisenbahnunternehmen entwickelten Frequenzmethode (vgl. dazu BGE 92 I 264 E. 2a S. 267 f.; 46 I 25 E. 4 S. 32; 41 I 423 E. 3b S. 437), auf die sich die Vorinstanz ansatzweise beruft und welche das Bundesgericht für die kapital- bzw. vermögenssteuerliche Zuweisung der Schiffe von interkantonalen Schifffahrtunternehmen für massgebend erklärt hat (BGE 41 I 423 E. 3a S. 436; nicht aber für die Zuweisung des Rollmaterials von Eisenbahnunternehmen: BGE 46 I 25 E. 4 S. 32), käme eine Ausscheidung von Kapitalsteuerfaktoren nur insoweit in Frage, als sich der Personenverkehr und der Gepäck- und Güterumsatz tatsächlich auf dem Staatsgebiet des betreffenden Gemeinwesens abgespielt hat. Andernfalls fehlt es nämlich bereits an der örtlichen und wirtschaftlichen Beziehung der betreffenden Aktiven zum Betriebsstättenstaat, die Voraussetzung für jede Zurechnung von Kapitalsteuerfaktoren ist (BGE 50 I 178 S. 179).

5.1.5 Abgesehen vom Flugverkehr mit den unmittelbaren Nachbarländern der Schweiz ist es nun aber offensichtlich, dass die Flugzeuge und das fliegende Personal den überwiegenden Teil der Flugzeit nicht im bzw. über dem Gebiet des Betriebsstättenstaates als Anflug- oder Abflugland, sondern in bzw. über Drittstaatengebiet, internationalen Gewässern und schweizerischem Staatsgebiet verbringen. Damit fehlt für den überwiegenden Teil der Flugzeit aber jede örtliche und wirtschaftliche Beziehung zur Betriebsstätte. Eine hälftige Zuweisung der Flugzeit an die Betriebsstättenstaaten ist deshalb unhaltbar. Die auf dieser Basis vorgenommene Kapitalausscheidung der Vorinstanz erweist sich bereits aus diesem Grund als willkürlich.

5.1.6 Soweit die Kantone trotz fehlender Abgrenzungsregelung im StHG überhaupt Kapital auf ausländische Betriebsstätten ausscheiden dürfen, wäre es sachgerecht gewesen, die Flugzeuge als eigentliche Betriebs- und Produktionsfaktoren nach demselben Grundsatz auf die ausländischen Betriebsstätten auszuscheiden, wie er für die Gewinnsteuer Anwendung findet (vgl. BGE 41 I 423 E. 3a S. 436). Dies hätte dazu geführt, dass die Flugzeuge der Steuerpflichtigen zu keinem Teil auf die ausländischen Betriebsstätten ausgeschieden worden, sondern vollumfänglich der Kapitalsteuer unterworfen geblieben wären. Dasselbe Resultat ergäbe sich, wenn den Kantonen die Kapitalausscheidung im internationalen Verhältnis von Harmonisierungsrechts wegen untersagt und nur bei entsprechenden Doppelbesteuerungsabkommen Kapital an ausländische Betriebsstätten auszuscheiden wäre (vgl. diesbezüglich Art. 22 Abs. 3 OECD-MA und die Doppelbesteuerungsabkommen der Schweiz). Damit kann offenbleiben, ob den Kantonen bezüglich des Umfangs der Kapitalsteuerpflicht überhaupt ein Gestaltungsspielraum verbleibt.

5.2 Soweit die Vorinstanz die Flugzeuge für die Kapitalsteuer den ausländischen Betriebsstätten zugewiesen hat, erweist sich ihr Urteil als willkürlich. Richtigerweise sind die Flugzeuge der Steuerpflichtigen für die Bemessung der Kapitalsteuer der Schweiz zuzuweisen. Folglich ist die Beschwerde des Steueramts auch in diesem Punkt gutzuheissen.