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13. Extrait de l'arrêt de la IIe Cour de droit public dans la cause A. SA contre Administration fiscale cantonale du canton de Genève (recours en matière de droit public)
A. La société A. SA (ci-après: la société), créée en 1976 et inscrite au registre du commerce du canton de Genève, a acquis le 1er janvier 2005 la totalité des actions de C. AG (ci-après: C.) au prix de 5'284'200 fr., le 1er janvier 2006 de D. AG (ci-après: D.) pour un prix de 4'281'376 fr. et, le 24 juillet 2009, de E. SA (ci-après: E.) pour un prix de 5'762'000 fr.
B.a Dans l'état des titres de sa déclaration fiscale pour 2011, la société a déclaré comme suit les participations dans les trois sociétés (montants en francs suisses):
Par bordereaux de taxation du 17 août 2017, l'Administration cantonale a fixé, pour 2011, les impôts cantonal et communal sur le bénéfice (ci-après: ICC) et l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD). Elle a procédé à une reprise de 6'080'457 fr. dans le bénéfice (montant du "fonds d'amortissement" figurant au bilan de la société, correspondant à l'amortissement annuel de 1'185'447 fr. et aux amortissements cumulés 2005 à 2010 [4'895'010 fr.]) et dans le capital (dissolution des réserves latentes).
Par décisions du 12 décembre 2017, l'Administration cantonale a partiellement admis la réclamation formée par la société contre les bordereaux du 17 août 2017, en ce sens qu'elle a tenu compte de l'impôt supplémentaire généré par la reprise effectuée.
Par bordereaux de taxation du 17 août 2017, l'Administration cantonale a procédé, pour 2012, à un redressement de 1'225'447 fr. dans le bénéfice imposable (montant annuel de l'amortissement déclaré), ainsi qu'à une reprise de 7'305'904 fr. dans le capital imposable (réserves latentes constituées par les amortissements depuis l'acquisition des participations).
Statuant sur réclamation, l'Administration cantonale a, le 19 décembre 2017, admis partiellement celle-ci, afin de tenir compte de l'impôt supplémentaire généré par la reprise.
B.c Contre les décisions sur réclamation des 12 et 19 décembre 2017, la société a formé un recours auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève. Par jugement du 26 novembre 2018, celui-ci a très partiellement admis le recours. Pour 2011, il a confirmé la reprise d'un montant de 6'080'457 fr. dans le bénéfice et le capital. En ce qui concerne 2012, il a fixé la reprise de l'amortissement annuel à 1'185'447 fr., au lieu de 1'225'447 fr., et a renvoyé la cause à l'Administration cantonale pour qu'elle recalcule l'IFD et les ICC 2012 en conséquence.
La société a recouru contre ce jugement auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). Par arrêt du 17 décembre 2019, la Cour de justice a rejeté le recours.
L'art. 62 al. 4 LIFD, entré en vigueur le 1er janvier 1998, a été introduit à l'occasion de la réforme de 1997 de l'imposition des sociétés et est en lien avec l'application de la réduction pour participations (art. 69-70 LIFD). Il s'agit d'une règle fiscale correctrice (cf. arrêt 2C_309/2013 du 18 septembre 2013 consid. 2.4.1, in RDAF 2014 II p. 346; cf. PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, vol. II, 2004, n° 1 ad art. 62 LIFD). Elle permet à l'autorité de s'écarter du bilan commercial et entraîne une augmentation du bénéfice imposable indépendamment de toute réévaluation ou aliénation des participations par la société (cf. DANON, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, Noël/Aubry Girardin [éd.], 2e éd. 2017, n° 43 ad art. 62 LIFD). L'autorité est autorisée à réévaluer l'action en question avec incidence fiscale jusqu'à concurrence du coût d'investissement y relatif (cf. ANGELO DIGERONIMO, Le traitement fiscal des participations selon la réforme 1997 de l'imposition des sociétés, Archives 66 p. 693 ss, 708).
Pour les corrections de valeur, qui sont équivalentes sur le plan fiscal à des provisions (cf. arrêt 2C_1082/2014 du 29 septembre 2016 consid. 4.1.1, in Archives 85 p. 379), le principe énoncé à l'art. 62 al. 4 LIFD figure déjà à l'art. 63 al. 2 LIFD (DANON, op. cit., n° 43 ad art. 62 LIFD; KUHN/DUBACH, in Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], Zweifel/Beusch [éd.], 3e éd. 2017, n° 32 ad art. 62 LIFD). D'après l'art. 63 al. 2 LIFD en effet, les provisions qui ne se justifient plus sont ajoutées au bénéfice imposable (cf., sur cette disposition, arrêts 2C_426/2019 du 12 juillet 2019 consid. 2.3.2, in Archives 88 p. 40; 2C_1168/2016 du 1er mai 2017 consid. 3.1, in RF 72/2017 p. 920; 2C_1082/2014 du 29 septembre 2016 consid. 2.1, in Archives 85 p. 379; 2C_392/2009 du 23 août 2010 consid. 2.4, in RDAF 2011 II p. 70). En revanche, l'art. 62 al. 4 LIFD est particulier et exceptionnel en ce qu'il assimile les amortissements sur les participations qualifiées aux corrections de valeur, enlevant aux premiers leur caractère définitif (sur le caractère en principe définitif des amortissements, cf. ATF 137 II 353 consid. 6.4.1 p. 361; arrêt2C_1082/2014 du 29 septembre 2016 consid. 2.1, in Archives 85 p. 379). Compte tenu de cette équivalence, la distinction entre amortissement et provision (correction de valeur) n'a pas d'incidence sous l'angle de l'art. 62 al. 4 LIFD (cf. LOCHER, op. cit., n° 41 ad art. 62 al. 4 LIFD, selon lequel il aurait été plus judicieux de ne plus autoriser aucun amortissement sur les participations qualifiées, mais seulement des corrections de valeur; cf. aussi KUHN/DUBACH, op. cit., n° 29 ad art. 62 LIFD).
Cette jurisprudence, qui est claire contrairement à ce que prétend la recourante, est transposable en l'espèce. On ne voit en effet aucune raison d'interpréter différemment l'art. 62 al. 4 LIFD et l'art. 63 al. 2 LIFD, qui emploient la même terminologie et qui se chevauchent. Par ailleurs, si l'art. 62 al. 4 LIFD autorise la reprise d'amortissements et corrections de valeur sur des participations qualifiées qui ont été justifiés à un moment donné et ont perdu leur justification, a fortiori cette règle fiscale correctrice permet la reprise d'amortissements et corrections de valeur sur des participations qualifiées qui n'ont jamais été justifiés.
L'arrêt 2C_309/2013 du 18 septembre 2013 auquel se réfère la recourante n'est en outre pas déterminant. Cet arrêt portait en effet sur un amortissement comptabilisé pour la première fois durant la période fiscale sous revue et non sur la réévaluation d'amortissements antérieurs. Le Tribunal fédéral a relevé que, dans un tel cas, la reprise devait être effectuée sur la base de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD et non de l'art. 62 al. 4 LIFD (consid. 3.9; cf. également consid. 9.2 non publié). Il est vrai que le Tribunal fédéral a aussi noté à cette occasion que l'art. 62 al. 4 LIFD concerne les amortissements qui ne sont plus justifiés et que dans le cas d'espèce il n'était pas question d'un amortissement qui n'était plus justifié mais d'un amortissement qui n'avait jamais été justifié (consid. 3.9). Compte tenu de la jurisprudence récente et détaillée relative à l'art. 63 al. 2 LIFD qui vient d'être évoquée, transposable à l'art. 62 al. 4 LIFD, il n'y a toutefois pas lieu de se fonder sur cet obiter dictum , non étayé.
Selon la jurisprudence rendue à propos de l'art. 63 al. 2 LIFD, qui est tout aussi pertinente dans le contexte de l'art. 62 al. 4 LIFD, il n'y a ainsi pas de droit au maintien d'une provision au motif que l'autorité fiscale a renoncé à une reprise au cours des années précédentes ou l'a à tort accordée (arrêts 2C_426/2019 du 12 juillet 2019 consid. 3.3.5, in Archives 88 p. 40; 2C_1168/2016 du 1er mai 2017 consid. 3.1, in RF 72/2017 p. 920; 2C_392/2009 du 23 août 2010 consid. 3.2, in RDAF 2011 II p. 70). Il n'y a par ailleurs pas de violation du principe de la bonne foi (art. 5 al. 3, art. 9 Cst.) lorsque l'administration fiscale procède à un examen de la justification comerciale de la provision, alors qu'un tel examen n'a pas eu lieu l'année précédente (arrêts 2C_426/2019 du 12 juillet 2019 consid. 3.3.5, in Archives 88 p. 40; 2C_1168/2016 du 1er mai 2017 consid. 3.1, in RF 72/2017 p. 920; 2C_392/2009 du 23 août 2010 consid. 3.2, in RDAF 2011 II p. 70). Ce n'est que si le fisc promet expressément un certain traitement fiscal que peut se poser la question de la bonne foi (cf. arrêts 2C_1082/2014 du 29 septembre 2016 consid. 2.3.1; 2C_383/2011 du 31 octobre 2011 consid. 3.3; 2C_596/2007 du 24 juin 2008 consid. 5).
Par ailleurs, la recourante n'a pas prétendu, ni démontré que l'autorité fiscale lui aurait donné l'assurance que les amortissements déclarés seraient admis les années suivantes à la suite de la demande de renseignements relative à la période fiscale 2007. Enfin, l'affirmation que l'absence de justification commerciale était aisément reconnaissable n'engage que la recourante.
