B. était propriétaire de plusieurs biens-fonds dans la commune de Y., dont la valeur vénale totale a été estimée en 2006 à 5'136'400 fr., à savoir les parcelles nos 5 sise en zone bois et forêts, 41 et 123 sises en zone agricole, 58 et 174 sises en zone 4B protégée, 177 sise principalement en zone 4B protégée et 178 sise à raison de 8/9 en zone 4B protégée et 1/9 en zone agricole. Elle était en outre propriétaire de biens mobiliers d'une valeur totale de 616'925 fr.
Un litige est né entre l'Association X. et A. au sujet de l'interprétation de ce testament, chacune d'elles soutenant avoir été instituée héritière de la défunte.
A.c Par acte du 22 mai 2007, l'Association X. a assigné A. devant le Tribunal de première instance de Genève, concluant à la constatation qu'elle est instituée unique héritière des biens de la succession de B. et à son inscription au Registre foncier en qualité de propriétaire des parcelles nos 41, 58, 174, 177 et 178 de la commune de Y. A. a conclu au déboutement de l'Association de toutes ses conclusions; pour le cas où il serait admis que celle-ci est héritière instituée, elle a conclu à la constatation de sa qualité de co-légataire avec C. des parcelles nos 5, 41, 58, 123, 174, 177 et 178 de la commune de Y., ainsi que de la totalité du matériel d'exploitation agricole dépendant de la succession de ce domaine.
B.a Par jugement du 29 janvier 2009, le Tribunal de première instance de Genève a débouté l'Association X. de ses conclusions, après avoir procédé à l'interprétation du testament de la défunte.
B.b Statuant sur appel de la demanderesse, la Cour de justice du canton de Genève a confirmé cette décision par arrêt du 16 octobre 2009, pour défaut de légitimation passive, opérant ainsi une substitution de motifs.
C. L'Association X. interjette le 23 novembre 2009 un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant à son annulation et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour qu'elle statue sur le fond. Elle fait grief aux juges précédents d'avoir considéré que A. n'avait pas la légitimation passive, dans la mesure où sa soeur C. avait la qualité de consort nécessaire, et se plaint également d'une violation de son droit d'être entendue.
Dans ces circonstances, sur la base des conclusions de la demanderesse, l'action doit être qualifiée d'action en constatation de droit assortie d'une action en pétition d'hérédité. Tout d'abord, son action tend à la constatation de sa qualité d'héritière unique aux termes mêmes du testament, tel qu'il est rédigé et doit être, selon elle, compris et interprété. Ainsi, elle n'a pas pour objet l'annulation d'une disposition pour cause de mort au sens de l'art. 519 CC, laquelle n'a pas à être introduite contre tous les héritiers en qualité de consorts nécessaires, ni à l'inefficacité d'une telle disposition. Ensuite, l'action tend à ce que, pour une partie des biens, à savoir les parcelles non agricoles, elle soit inscrite comme propriétaire au registre foncier.
Quant à l'inscription en qualité de propriétaire des immeubles en cause, c'est à tort que la recourante soutient qu'il ne s'agit pas d'une action en pétition d'hérédité. En effet, dans la mesure où elle se prétend seule héritière instituée, son action n'est pas ouverte contre un ou des co-héritiers comme elle le prétend; elle n'agit pas non plus en partage, mais elle veut obtenir que soit jugée une prétention qui exclut l'intimée et sa soeur de la succession (ATF 91 II 264 consid. 2 p. 268). Or, les héritiers légaux étant possesseurs provisoires des biens de la succession (STEINAUER, Le droit des successions, 2006, n° 885 p. 434), la recourante doit nécessairement agir contre eux pour obtenir son inscription au registre foncier comme propriétaire.
Les consorts matériels nécessaires doivent donc agir ensemble ou être mis en cause ensemble. Toutefois, selon la jurisprudence, si un membre de la communauté déclare autoriser les autres à agir ou déclare formellement se soumettre par avance à l'issue du procès, ou encore reconnaît d'emblée formellement la demande, sa participation au procès n'est pas nécessaire (ATF 116 Ib 447 consid. 2a p. 449; ATF 86 II 451 consid. 3 p. 455).
Selon l'art. 99 al. 1 LTF, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut, en effet, être présenté devant le Tribunal fédéral, à moins derésulter de la décision de l'autorité précédente. Sont visés par cette exception les faits qui sont rendus pertinents pour la première fois par la décision attaquée. C'est ainsi que les critiques relatives à la régularité de la procédure devant l'instance précédente (par exemple une violation du droit d'être entendu lors de mesures probatoires) doivent pouvoir être soutenues par des faits qui n'ont pas été invoqués devant cette instance. De même, lorsque la décision de l'instance précédente a été fondée sur un nouvel argument juridique auquel les parties n'avaient pas été confrontées précédemment, les recourants peuvent avancer devant le Tribunal fédéral les faits nouveaux qui démontrent que l'argumentation de l'instance précédente est contraire au droit. S'y ajoutent encore les faits qui ne pouvaient pas être invoqués devant l'autorité précédente, à savoir, par exemple, le respect du délai pour recourir au Tribunal fédéral (Message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, FF 2001 4000 ss, 4137).
En revanche, ne peuvent être allégués devant le Tribunal fédéral les faits que le recourant a négligé de présenter devant les autorités cantonales et qui, par conséquent, n'ont pas pu être examinés par les instances inférieures. Le recourant ne peut ainsi démontrer, par de nouvelles allégations de faits qu'il aurait pu invoquer auparavant, que les faits retenus par l'autorité inférieure sont manifestement erronés ou procèdent d'une appréciation arbitraire des preuves (arrêt 4A_36/2008 du 18 février 2008 consid. 4.1 et les références citées). Il en va ainsi, en l'espèce, de la nouvelle pièce produite par la recourante, laquelle ne peut réparer de cette façon la négligence qu'elle a commise en omettant d'alléguer et de prouver la déclaration de la soeur de l'intimée, consort nécessaire, de se soumettre au jugement à intervenir.