8.1 Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.

8.2 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Das Bundesgericht kann die Kosten auch anders verteilen, wenn die Umstände es rechtfertigen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Fraglich ist, ob solche Umstände vorliegen, weil gemäss Art. 105 Abs. 3 des Fusionsgesetzes vom 3. Oktober 2003 (FusG; SR 221.301) bei Überprüfungsklagen grundsätzlich der übernehmende Rechtsträger die Kosten des Verfahrens trägt. Diese Regelung soll den ausgeschlossenen Gesellschaftern erlauben, eine Überprüfungsklage zu erheben, wenn sie legitime Gründe dazu haben, ohne dass sich die voraussichtlichen Prozesskosten prohibitiv auswirken (BGE 135 III 603 E. 2.1.2 S. 606 mit Hinweis). Die Kostenfolge zulasten der übernehmenden Gesellschaft stellt ein Korrektiv dafür dar, dass das Urteil nach Art. 105 Abs. 2 FusG Wirkung für alle Gesellschafter hat, die sich in der gleichen Rechtsstellung wie der Kläger befinden, und sich der Streitwert deshalb nach dem Betrag richtet, den die beklagte Gesellschaft im Fall ihres Unterliegens sämtlichen Gesellschaftern zu bezahlen hätte (Urteil 4A_440/2007 vom 6. Februar 2008 E. 1.1.2, nicht publ. in: BGE 134 III 255). Das Bundesgericht hat bisher offengelassen, ob die Kostenregelung in Art. 105 Abs. 3 FusG auch im Verfahren vor Bundesgericht gilt (Urteil 4A_440/2007 vom 6. Februar 2008 E. 3, nicht publ. in: BGE 134 III 255).

8.3 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts bezüglich Klagen aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit gilt die aus Art. 759 Abs. 2 OR abgeleitete Kostenregelung mit ähnlicher Zielsetzung grundsätzlich nur im erstinstanzlichen Verfahren, nicht jedoch vor zweiter oder dritter Instanz, da im Rechtsmittelverfahren die Unsicherheit bezüglich der ins Recht zu fassenden Beteiligten geringer sind (Urteil 4C.155/1998 vom 15. Oktober 1998 E. 4c, in: SJ 1999 I S. 349 f.; BGE 125 II 138 E. 2c). In der Lehre wird eine analoge Anwendung dieser Rechtsprechung auf Überprüfungsklagen gemäss Art. 105 FusG abgelehnt, weil bei diesen der Kläger auch vor den Rechtsmittelinstanzen für alle Gesellschafter in der gleichen Rechtsstellung handelt (PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, § 3 Rz. 264 S. 428; ihm folgend: DANIEL EMCH, System des Rechtsschutzes im Fusionsgesetz, 2006, S. 167; NICCOLÒ GOZZI, Schutz der Aktionäre bei Fusion und Spaltung gemäss Fusionsgesetz, 2009, S. 275 f.; MATTHIAS AMMAN, Die Verletzung der Kontinuität der Anteils- und Mitgliedschaftsrechte und deren Ausgleichung nach Art. 105 FusG, 2006, S. 193 Rz. 361; PIERA BERETTA, Strukturanpassungen, in: SPR Bd. VIII/8, 2006, S. 171; vgl. auch MAURER/VON DER CRONE, Prozesskostentragung bei der Überprüfungsklage nach Art. 105 FusG, Schweizerische Zeitschrift für Wirtschafts- und Finanzmarktrecht, 2010, S. 77 ff., 79).

8.4 Der Gesetzgeber hat die Kostenfolgen im kantonalen und bundesgerichtlichen Verfahren insoweit unterschiedlich geregelt, als er in Art. 114 der Schweizerischen Zivilprozessordnung (ZPO; SR 272) für bestimmte Klageverfahren aus sozialpolitischen Gründen auf kantonaler Ebene Gebührenfreiheit und im bundesgerichtlichen Verfahren eine (reduzierte) Kostenpflicht vorgesehen hat (Art. 65 Abs. 4 BGG). Eine entsprechende Differenzierung rechtfertigt sich gleich wie bezüglich Art. 759 Abs. 2 OR auch bezüglich der Überprüfungsklage nach Art. 105 FusG, da deren Erfolgsaussichten vor erster Instanz, welche in der Regel eine Klärung durch einen Gutachter vornehmen muss, wesentlich schwieriger zu beurteilen sind als die Aussichten einer Beschwerde vor Bundesgericht, dem insoweit nur eine beschränkte Überprüfungskognition zukommt. Zudem entfallen im bundesgerichtlichen Verfahren die unter Umständen erheblichen Kosten für die Beweiserhebungen, weshalb auch das Kostenrisiko wesentlich kleiner ist. Demnach kann nicht allgemein gesagt werden, bei Klagen gemäss Art. 105 Abs. 1 FusG würden sich die Prozesskosten für Beschwerden vor Bundesgericht prohibitiv auswirken, erst recht nicht, wenn ein Beschwerdeführer ein erhebliches eigenes finanzielles Interesse am Klageverfahren hat und damit bezüglich des bundesgerichtlichen Verfahrens kein Missverhältnis zwischen dem Kostenrisiko und den finanziellen Erfolgsaussichten besteht (vgl. Urteile 4C.386/2002 vom 12. Oktober 2004 E. 6, nicht publ. in: BGE 131 III 38, aber in: SJ 2005 I S. 380 f.; 4C.324/2001 vom 7. Februar 2002 E. 5, nicht publ. in: BGE 128 III 142, aber in: SJ 2002 I S. 378).

8.5 Die Beschwerdeführer stellen Leistungsbegehren von insgesamt Fr. 216'000.-. Sie haben damit im Verhältnis zum Gesamtstreitwert von knapp Fr. 500'000.- ein eigenes erhebliches Interesse am Verfahrensausgang. Es ist ihnen daher zuzumuten, das gegenüber dem kantonalen Verfahren reduzierte Kostenrisiko des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen, weshalb ihnen gemäss dem Ausgang des Verfahrens nach dem allgemeinen Grundsatz der Kostenverteilung nach Unterliegen und Obsiegen die Gerichtskosten aufzuerlegen sind (Art. 66 Abs. 1 BGG). Entsprechend haben sie zudem die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 68 Abs. 2 BGG).