A.

A.a Bei der B. AG (Klägerin, Beschwerdegegnerin) handelt es sich um eine Immobiliengesamtdienstleisterin, die insbesondere im Bereich der Entwicklung, Planung, Vermarktung und Erstellung schlüsselfertiger Bauten tätig ist.

Die A. AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) ist Miteigentümerin einer grösseren Liegenschaft.

A.b Die Miteigentümer schlossen mit der Klägerin Verträge betreffend die Fassadensanierung und den Umbau der fraglichen Liegenschaft ab. Nach Abschluss der Bauarbeiten kam es zu Meinungsverschiedenheiten über die Kosten.

Mit Zahlungsbefehl vom 19. Dezember 2017 forderte die Beklagte von der Klägerin im Zusammenhang mit den Umbauarbeiten einen Betrag von Fr. 39'376'338.-. Die Klägerin erhob Rechtsvorschlag.

B.

B.a Mit Eingabe vom 1. Juni 2018 beantragte die Klägerin dem Handelsgericht des Kantons St. Gallen, es sei festzustellen, dass die mit Zahlungsbefehl vom 19. Dezember 2017 betriebene Forderung von Fr. 39'376'338.- nicht bestehe; zudem sei das Betreibungsamt anzuweisen, die erfolgte Betreibung im Betreibungsregister zu löschen. Die Klägerin bezahlte in der Folge einen Gerichtskostenvorschuss von vorerst Fr. 150'000.-.

Mit Klageantwort vom 26. November 2018 beantragte die Beklagte, auf die Klage sei wegen fehlenden Feststellungsinteresses nicht einzutreten; eventualiter sei die Klage abzuweisen.

Mit Verfügung vom 6. Dezember 2018 beschränkte der Handelsgerichtspräsident das Verfahren vorerst auf die prozessualen Anträge der Beklagten betreffend Festlegung des Streitwerts, Erhöhung des Gerichtskostenvorschusses und Leistung einer Sicherheit für die Parteientschädigung.

Mit verfahrensleitendem Zwischenentscheid vom 3. März 2020 trat der Handelsgerichtspräsident auf den Antrag der Beklagten betreffend Festlegung des Streitwerts nicht ein. Ihren Antrag auf Erhöhung des Gerichtskostenvorschusses um einstweilen Fr. 350'000.- wies er ab, soweit er darauf eintrat. Ebenso wies er den Antrag ab, die Klägerin sei zur Leistung einer Sicherheit von Fr. 765'174.- für die Parteientschädigung zu verpflichten. In der Folge beschränkte er das Verfahren auf die Prozessvoraussetzungen, insbesondere auf die Frage des Feststellungsinteresses.

B.b Mit Entscheid vom 16. Juni 2021 trat das Handelsgericht des Kantons St. Gallen wegen fehlenden Feststellungsinteresses auf die Klage nicht ein (Dispositiv-Ziffer 1). Die auf Fr. 30'000.- festgesetzten Gerichtskosten verrechnete es mit dem geleisteten Gerichtskostenvorschuss, wobei es der Klägerin den Restbetrag zurückerstattete (Dispositiv-Ziffer 2). Im Weiteren verpflichtete das Handelsgericht die Beklagte, der Klägerin an den verrechneten Gerichtskostenvorschuss Fr. 6'000.- zu bezahlen (Dispositiv-Ziffer 3). Ausserdem verpflichtete es die Klägerin zur Zahlung einer Parteientschädigung von Fr. 51'300.- an die Beklagte (Dispositiv-Ziffer 4).

C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, es sei Dispositiv-Ziffer 3 des handelsgerichtlichen Entscheids vom 16. Juni 2021 ersatzlos aufzuheben; Dispositiv-Ziffer 2 sei in dem Sinne abzuändern, dass die Entscheidgebühr des handelsgerichtlichen Verfahrens in Höhe von Fr. 30'000.- vollumfänglich der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen sei. Zudem sei Dispositiv-Ziffer 4 des angefochtenen Entscheids aufzuheben und der Beschwerdeführerin sei für das handelsgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung in Höhe von Fr. 423'094.65 (MWST und Barauslagen eingerechnet) zuzusprechen.

Das Bundesgericht heisst die Beschwerde teilweise gut, es hebt Dispositiv-Ziffern 2-4 des angefochtenen Entscheids auf und fasst sie in dem Sinne neu, dass die Gerichtskosten des kantonalen Verfahrens von Fr. 30'000.- vollumfänglich der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen sind, welche die Beschwerdeführerin für die Kosten der anwaltlichen Vertretung vor dem Handelsgericht mit Fr. 85'500.- zu entschädigen hat.

(Zusammenfassung)

3. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz im Zusammenhang mit der Verteilung der Prozesskosten eine Verletzung von Art. 106 ZPO vor.

3.1 Nach Art. 106 Abs. 1 ZPO werden die Prozesskosten (d.h. Gerichtskosten und Parteientschädigung; Art. 95 Abs. 1 ZPO) der unterliegenden Partei auferlegt. Dabei gilt bei Nichteintreten und bei Klagerückzug die klagende Partei, bei Anerkennung der Klage die beklagte Partei als unterliegend. Hat keine Partei vollständig obsiegt, so werden die Prozesskosten nach dem Ausgang des Verfahrens verteilt (Art. 106 Abs. 2 ZPO). Art. 107 ZPO sieht für verschiedene typisierte Fälle vor, dass das Gericht von den Verteilungsgrundsätzen gemäss Art. 106 ZPO abweichen und die Prozesskosten nach Ermessen verteilen kann (vgl. BGE 143 III 261 E. 4.2.5; BGE 139 III 33 E. 4.2, BGE 139 III 358 E. 3). Im Weiteren hat nach Art. 108 ZPO unnötige Prozesskosten zu bezahlen, wer sie verursacht hat.

3.2 Die Beschwerdeführerin bringt zutreffend vor, dass für die Frage des Unterliegens (Art. 106 Abs. 1 ZPO) bzw. des Ausgangs des Verfahrens (Art. 106 Abs. 2 ZPO) entscheidend ist, in welchem Mass die Parteien im Ergebnis mit ihren Rechtsbegehren durchdringen (Urteil 4A_297/2012 vom 9. Oktober 2012 E. 3.2, nicht publ. in: BGE 138 III 610). Massgebend ist das Gesamtergebnis des Prozesses in der Hauptsache, während es nicht darauf ankommt, wie über einzelne Angriffs- oder Verteidigungsmittel entschieden wurde (DAVID JENNY, in: Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO], Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger [Hrsg.], 3. Aufl. 2016, N. 6 zu Art. 106 ZPO; DENIS TAPPY, in: Commentaire romand, Code de procédure civile [CPC], 2. Aufl. 2019, N. 15 zu Art. 106 ZPO; PATRICK STOUDMANN, in: CPC, Code de procédure civile, Chabloz/ Dietschy-Martenet/Heinzmann [Hrsg.], 2021, N. 7 ff. zu Art. 106 ZPO; vgl. bereits MAX GULDENER, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 3. Aufl. 1979, S. 406 Fn. 6; vgl. auch zit. Urteil 4A_297/2012 E. 3.2; Urteil 5A_583/2012 vom 6. Dezember 2012 E. 4.2). Entsprechend hat für die Frage des Unterliegens bzw. des Verfahrensausgangs nach Art. 106 ZPO auch das Ergebnis blosser Zwischenverfahren (etwa betreffend Höhe des Gerichtskostenvorschusses oder Sicherheit für die Parteientschädigung) ausser Betracht zu bleiben, wie die Beschwerdeführerin zu Recht einwendet.

Art. 106 Abs. 1 ZPO sieht denn auch ausdrücklich vor, dass bei Nichteintreten die klagende Partei als unterliegend gilt. Nachdem die Vorinstanz auf die negative Feststellungsklage der Beschwerdegegnerin nicht eintrat, wären die Prozesskosten in Anwendung dieser Bestimmung der Beschwerdegegnerin als unterliegender Partei aufzuerlegen gewesen. Für eine (abweichende) Kostenverteilung nach Art. 106 Abs. 2 ZPO blieb bei diesem Ausgang des Verfahrens entgegen der in der Beschwerdeantwort vertretenen Ansicht kein Raum. Inwiefern angesichts der Verfahrensanträge der Beschwerdeführerin (betreffend Festlegung des Streitwerts, Leistung eines weiteren Gerichtskostenvorschusses sowie einer Sicherheit für die Parteientschädigung) und deren Erledigung mit prozessleitender Verfügung der Vorinstanz vom 3. März 2020 gestützt auf Art. 107 Abs. 1 ZPO ein Abweichen von den Verteilungsgrundsätzen (Art. 106 ZPO) gerechtfertigt gewesen wäre, ist aufgrund der vorinstanzlichen Feststellungen nicht erkennbar und wird von der Beschwerdegegnerin auch nicht hinreichend geltend gemacht. Ebenso wenig legt sie dar, inwiefern es sich dabei um unnötige Prozesskosten im Sinne von Art. 108 ZPO gehandelt hätte.

Die Vorinstanz hat demnach Art. 106 Abs. 1 ZPO verletzt, indem sie die Prozesskosten nicht in Anwendung dieser Bestimmung vollständig der Beschwerdegegnerin auferlegte, auf deren negative Feststellungsklage sie nicht eintrat. Gemäss den gesetzlichen Verteilungsgrundsätzen hat die vollständig unterliegende Beschwerdegegnerin sowohl die Gerichtskosten als auch die Parteientschädigung zu tragen.